Στην ενότητα αυτή αναφέρονται τα βασικά χαρακτηριστικά των ευκαρυωτικών μικροοργανισμών (μύκητες, φύκη, πρωτόζωα και έλμινθες). Όσον αφορά τους μύκητες, παρουσιάζονται οι τρεις κατηγορίες αυτών (υφομύκητες ή μούχλες, ζύμες, μανιτάρια), αναφέρεται η σημασία αυτών για το περιβάλλον, τη βιομηχανία τροφίμων και την παραγωγή χρήσιμων ενώσεων, ενώ αναφέρονται οι μυκητιάσεις και μυκοτοξινώσεις που μπορούν να προκαλούνται από παθογόνα στελέχη αυτών. Για κάθε μία από τις τρεις κατηγορίες μυκήτων, παρουσιάζονται τα ιδιαίτερα χαρακτηριστικά αυτής, ενώ γίνεται ιδιαίτερη αναφορά στον τρόπο αναπαραγωγής της κάθε κατηγορίας (αφυλετικός, φυλετικός). Όσον αφορά τα πρωτόζωα, παρουσιάζονται οι τέσσερις ταξινομικές ομάδες (φύλα) αυτών (μαστιγοφορά, αμοιβάδες, βλεφαριδοφόρα , σπορόζωα), οι τρόποι αναπαραγωγής αυτών και ο μηχανισμός της εγκύστωσης. Στους έλμινθες αναφέρονται τα δύο κύρια φύλλα αυτών (πλατυέλμινθες, νηματέλμινθες) και περιληπτικά στοιχεία για τον πολύπλοκο κύκλο ζώης αυτών.
Eυκαρυωτικοί μικροοργανισμοί